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A maior parte dos casos de microcefalia é causada por infecções adquiridas pela mãe, especialmente no primeiro trimestre da gravidez. O Ministério da Saúde no Brasil reconhece que grande número de casos de microcefalia são devidos à infecção maternal pelo virus Zika. As doenças abaixo também podem causar microcefalia se adquiridas pela mãe neste periodo gestacional, exceto:
toxoplasmose.
rubéola.
citomegalovírus.
chikungunya.