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Apesar de auxiliar em reduzir o uso de antibióticos sem consequências adversas, ocorrem desvantagens do uso de biomarcadores em doenças infecciosas, apenas não podemos aceitar o item:
Resultados podem ser conflitantes com a avaliação clínica cuidadosa.
Uso prévio de antibióticos pode reduzir níveis rapidamente e dar achados falso-negativos.
Pode não diferenciar patógenos atípicos de pneumonia viral.
Sempre reconhece infecção bacteriana complicando influenza.