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As etapas iniciais de uma investigação de epidemia ou surto incluem a confirmação do diagnóstico da doença, confirmação da existência de epidemia ou surto, caracterização da epidemia e formulação de hipóteses preliminares.
A identificação do agente etiológico responsável por um surto não é importante no processo de interrupção da transmissão, não sendo um objetivo da investigação.
Alguns surtos podem terminar antes mesmo do término das investigações pelas seguintes razões: não há mais indivíduos suscetíveis; não há mais exposição à fonte; não há mais fonte de contaminação; os patógenos tornaram-se menos patogênicos; e os indivíduos diminuíram sua suscetibilidade.
Uma circunstância comum que pode levar a uma epidemia é a introdução de uma doença infecciosa nova por seres humanos ou animais que viajam de uma área endêmica para outra, onde a doença não seja endêmica.