Para pacientes com sintomas urinários, devem ser realizados exames de urina microscópicos para bacteriúria, piúria e hematúria. O exame de urina fornece identificação rápida de bactérias e leucócitos e diagnóstico presuntivo de ITU. Geralmente, o sedimento de uma amostra de aproximadamente 5 a 10mL, obtido por centrifugação por 5 minutos a 2000 RPM, é analisado. Neste caso,

a bacteriúria microscópica é encontrada em mais de 90% das infecções com contagens de unidades formadoras de colônias (UFC de 100.000 por mililitro de urina ou mais e é um achado altamente específico. Entretanto, geralmente, as bactérias podem ser detectáveis microscopicamente em infecções com menor número de colônias (100 a 10.000/mL.

a urina de uma paciente do sexo feminino pode conter muitos milhares de lactobacilos e corinebactérias. Essas bactérias são facilmente vistas ao microscópio; e, embora sejam Gram-negativas, geralmente aparecem como Gram-positivas (Gram-variáveis se estiverem manchadas.

a piúria e a hematúria são bons indicadores de resposta inflamatória. Embora o número de leucócitos por campo de alta potência em amostra de urina centrifugada seja útil, é importante lembrar que outros fatores podem influenciar no número de células vistas. Estes incluem o estado de hidratação, a intensidade da reação do tecido, o método de coleta de urina, o volume, a velocidade e o tempo de centrifugação, o volume em que o sedimento é ressuspenso, o sexo e a idade dos pacientes.

a piúria ausente deve questionar o diagnóstico de ITU até que os dados da cultura de urina estejam disponíveis. Do mesmo modo, muitas doenças do trato urinário produzem piúria significativa na ausência de bacteriúria, entre elas a tuberculose, os cálculos urinários, a lesão traumática do trato urinário, as uretrites, as glomerulonefrites, a cistite intersticial etc.