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Diversas teorias tentam explicar a etiopatogenia da endometriose, já que células endometriais viáveis são encontradas na cavidade pélvica em mulheres sem a doença. Dentre essas teorias, pode-se citar que mulheres com endometriose devem ter:
endométrio com redução da angiogênese.
menor secreção de citocinas pelos macrófagos peritoneais.
aumento de receptores de progesterona nos tecidos endometriais.
diminuição da citotoxicidade das células Natural-Killer.