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A pesquisa do bacilo álcool-ácido resistente (BAAR), pelo método de Ziehl-Nielsen, é uma técnica simples e de baixo custo, sendo a mais utilizada no diagnóstico da TB. A baciloscopia do escarro, quando executada corretamente, permite detectar a maioria dos casos pulmonares. Sendo INADEQUADO que:
Nos casos em que houver indícios clínicos e radiológicos de tuberculose e as duas baciloscopias apresentarem resultado negativo, podem ser solicitadas amostras adicionais, conforme avaliação individual, além da solicitação de cultura.
Outros espécimes clínicos podem ser utilizados para a investigação do M. tuberculosis, como urina, secreção purulenta de lesões sugestivas, lavados gástricos e brônquicos, escarro induzido, materiais de biópsia e de ressecção.
Nos materiais para a investigação do M. tuberculosis, a sensibilidade da baciloscopia é bem menor do que no escarro e, por isso, a cultura nessas amostras é obrigatória.
A PCR identifica material genético de microrganismos vivos ou mortos e está indicada para o acompanhamento do tratamento.