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Na espinha bífida oculta não há herniação de meninges ou medula, geralmente é assintomática e pode apresentar apenas um tufo de pelos na região lombossacra, enquanto na espinha bífida cística ocorre protrusão meníngea com ou sem tecido nervoso, podendo causar déficits neurológicos variáveis.
A espinha bífida oculta é sempre acompanhada de mielomeningocele e déficits motores graves, enquanto a cística é limitada a alterações cutâneas sem envolvimento neural.
A espinha bífida cística apresenta apenas falha óssea mínima, com fechamento normal do arco neural, enquanto a oculta envolve exposição completa da medula espinhal.
A forma oculta tem prognóstico pior que a cística, pois envolve sempre herniação da medula espinhal e raízes nervosas.
Tanto a oculta quanto a cística apresentam sempre protrusão de tecido nervoso e disfunção esfincteriana significativa.