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A infecção não tem efeito significativo na qualidade do sêmen, sendo a baixa contagem de espermatozoides um achado isolado e independente.
A recorrência de infecções genitais estimula a produção de testosterona pelas células de Leydig, compensando os efeitos prejudiciais das infecções na qualidade do sêmen.
A presença de células inflamatórias no trato genital pode liberar espécies reativas de oxigênio, causando danos ao DNA espermático e reduzindo a qualidade do sêmen.
A infecção afeta principalmente a integridade do acrossomo, resultando em infertilidade devido à incapacidade dos espermatozoides de penetrar o óvulo.
As infecções genitais afetam apenas a morfologia dos espermatozoides, sem alterar outros parâmetros seminais.