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A holoprosencefalia decorre de falha na divisão do diencéfalo em tálamo e hipotálamo, geralmente associada a mutações em genes relacionados ao fechamento do tubo neural posterior.
O prosencéfalo se desenvolve a partir do neuroectoderma no final da quarta semana, sendo a holoprosencefalia frequentemente resultado de alterações tardias na diferenciação telencefálica.
O fechamento incompleto do neuroporo posterior leva à malformação do prosencéfalo e está relacionado com defeitos no sistema ventricular lateral.
A falha na divisão do prosencéfalo em telencéfalo e diencéfalo pode resultar em holoprosencefalia, uma condição frequentemente associada à mutação em genes como SHH (Sonic Hedgehog), fundamentais para a indução ventral do tubo neural.
A holoprosencefalia é uma consequência direta da degeneração da bolsa de Rathke, com comprometimento da formação da adenohipófise e subsequente ausência de hemisférios cerebrais.