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A endometriose é classificada em diferentes fenótipos de acordo com a localização e profundidade das lesões. Para ser tecnicamente classificada como Endometriose Profunda (EDP), a infiltração tecidual deve ser de, no mínimo:

1 mm de profundidade.

3 mm de profundidade.

5 mm de profundidade.

10 mm de profundidade.

Transmural, atingindo a mucosa do órgão acometido.