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O tratamento com a heparina de baixo peso molecular pode ser monitorado com os níveis do fator Xa no obeso e na insuficiência renal.
Os efeitos clínicos da terapia com heparina podem ser monitorados com o tempo de tromboplastina parcial ativado.
A heparina de baixo peso molecular é preferida na profilaxia do tromboembolismo por não haver necessidade de monitorização laboratorial.
A heparina não fracionada é utilizada por via parenteral e seus efeitos são totalmente revertidos pela protamina.
Ambas as formas de heparina inibem a trombina e o fator Xa, entretanto a heparina não fracionada é mais específica no efeito anti Xa.