As principais doenças que devemos sempre pensar no diagnóstico diferencial de TE são as doenças mioproliferativas que, inclusive, vêm à frente até da própria TE na lista de possiblidades, haja visto que a Trombocitopenia Essencial é um diagnóstico de exclusão para esses casos. Temos na questão, duas doenças mioproliferativas, a Policitemia Vera e a Mielodisplasia, que já podem ser descartadas como resposta. As infecções no geral também são incluidas no diagnóstico diferencial por também poderem alterar de forma consideravel o número de plaquetas do indivíduo, principalmente as infecções crônicas. As neoplasias, especialmente aquelas que tem como origem a medula óssea, também afetam a contagem de plaquetas. A única doença que não se encaixa no quadro esperado para o paciente com TE é o HIV, em que esperamos um quadro de plaquetopenia no paciente