As doenças primárias do sono são diagnóstico de exclusão, logo, deve-se pensar e investigar inicialmente condições diversas como doenças crônicas ou agudas, transtornos mentais, uso de substâncias psicoativas ou depressivas e relações familiares. Os principais diagnósticos diferenciais dessas doenças são: DPOC, DRGE, tuberculose, doenças tireoidianas com alteração hormonal, delirium, infecções e curso febril, depressão, mania, quadros ansiosos, esquizofrenia