O financiamento do SUS ocorre por meio de duas frentes: a primeira denominada fundo-a-fundo e relacionada ao repasse de recursos do Fundo Nacional de Saúde, para os Fundos Estaduais de Saúde e, em seguida, para os Fundos Municipais de Saúde; já a segunda frente se relaciona à publicação da Emenda Constitucional (EC) nº 29/2000 que estabeleceu percentuais mínimos para investimento em saúde pelos estados (12%) e municípios (15%).