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Indivíduos com indicação momentânea de PEP podem ser futuros candidatos à PrEP. A transição para a PrEP pode ser feita após os 28 dias de uso da PEP e exclusão de infecção pelo HIV.
No Brasil, a epidemia de HIV/aids é concentrada em algumas populações-chave, que respondem pela maioria dos casos novos da infecção, como gays e outros homens que fazem sexo com homens (HSH), pessoas transgênero e trabalhadoras(es) do sexo. O pertencimento a um desses grupos é suficiente para indicar o uso de PrEP.
Para a indicação do uso de PrEP, deve-se excluir, clínica e laboratorialmente, o diagnóstico prévio da infecção pelo HIV, através da realização de teste rápido anti-HIV, incluindo os testes rápidos realizados com amostras de fluido oral.
A PEP pode ser utilizada em pessoas que potencialmente se expôs ao HIV dentro do período de até uma semana.