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Uma infecção complicada está associada a fatores que aumentam a chance de adquirir bactérias e diminuir a eficácia da terapia. O trato urinário está estrutural ou funcionalmente anormal, o hospedeiro está comprometido e/ou as bactérias aumentaram virulência ou resistência antimicrobiana. São fatores que sugerem uma infecção urinária complicada:
gênero feminino, gravidez e paciente idoso.
diabetes, infeção em imunocompetentes e infecção do trato urinário infantil.
uso recente de agente antimicrobiano, cateter urinário de demora e instrumentação do trato urinário.
infecção hospitalar, sintomas por mais de 7 dias na apresentação e dor lombar bilateral.