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As moléculas MHC Classe II capturam antígenos diretamente do citoplasma e os apresentam na superfície celular para reconhecimento por células T citotóxicas.
As proteínas MHC Classe II se associam com peptídeos no retículo endoplasmático, onde peptídeos intracelulares são carregados diretamente nas moléculas MHC recém-sintetizadas.
Após a tradução, moléculas de MHC de Classe II se ligam a peptídeos virais na presença de uma cadeia invariante no complexo de Golgi, sendo então transportadas diretamente à superfície celular.
As proteínas MHC de classe II transportam antígenos do meio extracelular diretamente ao núcleo onde são processados e posteriormente apresentados na superfície celular.
As proteínas extracelulares são internalizadas por endocitose, processadas em peptídeos no sistema endossômico, e esses peptídeos se associam com moléculas MHC de classe II antes de serem expressas na superfície celular para interação com células T CD4+.