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A etiologia da encefalite permanece indefinida na maioria dos pacientes, mas, naqueles pacientes com etiologia definida, as bactérias são a principal causa identificada.
Na avaliação diagnóstica, para aumentar as chances de sucesso do diagnóstico etiológico, diversas pistas clínicas e epidemiológicas devem ser levadas em consideração, tais como história vacinal, exposição a picadas de insetos e história de viagem recente.
A encefalite é uma síndrome neurológica relativamente comum e potencialmente grave que afeta tanto crianças previamente hígidas como crianças com imunodeficiências.
Entre as doenças que podem simular encefalite viral aguda, estão infecção do Sistema Nervoso Central (causadas por bactérias, fungos, parasitas), para/pós-infecção, bem como doenças com causas não infecciosas vasculares, neoplásicas e metabólicas.